El sector salud peruano viene experimentando un lento pero continuo proceso de cambios que se reinician durante el segundo quinquenio de la década de 1980, cuando se impulsó el proceso de desconcentración en salud que sirvió de base a las actuales DISAs descentralizadas. Mas adelante, una vez estabilizada la economía, en 1994 se dio inicio al fortalecimiento de la atención primaria con el desarrollo de un paquete básico de servicios por medio del Programa de Salud Básica Para Todos (PSBT) y a la formación de los Comités Locales de Administración de Salud (CLAS), que introducen la participación de la comunidad en la gestión de los servicios de salud.

Otro gran cambio se produce en 1997 con la promulgación de la Ley General de Salud, se reorganiza la seguridad social y se crea EsSalud incorporando al sector privado, las Empresas Prestadoras de Salud (EPS), a la administración de la capa simple del plan de prestaciones a los trabajadores asegurados por EsSalud.

En este mismo año se produce la creación del Seguro Escolar Gratuito (1997) y del Seguro Materno Infantil (1998) que, posteriormente se fusionan y constituyen lo que actualmente es el Seguro Integral de Salud (SIS), iniciando un modelo de financiamiento de la prestación de servicios que posibilita el acceso de los más pobres a un plan de salud subsidiado y al aseguramiento universal de la salud. El año 2002 se  da  inicio a las reuniones del Acuerdo Nacional que mediante un proceso de construcción de consensos entre 16 partidos políticos, dio lugar a la agenda de política de salud 2006-2010, que incluye: Salud materno infantil, Enfermedades infecciosas, Descentralización del sector salud, Aseguramiento universal en salud, Financiamiento y focalización y Participación social.